通常情况下，不存在巧克力囊肿最彻底治愈的方法有哪些的说法。患者可以通过药物治疗、手术治疗、辅助生殖技术等方式进行改善，能够缓解病情。

1、药物治疗

如果病情比较轻微，没有出现明显的不适症状，可以遵医嘱服用孕激素类的药物，比如醋酸甲羟孕酮片、醋酸甲地孕酮片等，能够抑制囊肿的生长。同时，也可以遵医嘱服用非甾体类抗炎药，比如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等，能够达到缓解疼痛的目的。

2、手术治疗

如果病情比较严重，出现了不孕的情况，可以及时到正规医院的妇科，通过腹腔镜手术进行治疗，能够切除病变的囊肿组织，同时还要对盆腔周围的组织进行修复。

3、辅助生殖技术

如果手术治疗后，病情没有得到有效改善，也可以通过辅助生殖技术进行治疗，主要是通过体外受精-胚胎移植等方式进行改善，能够达到受孕的目的。

除此之外，还要注意多休息，保证充足的睡眠时间，避免出现熬夜的情况。如果在治疗期间出现不适症状，建议患者立即就医。