巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，通常情况下，巧克力囊肿的治疗方法包括药物治疗、手术治疗等。患者应根据自身病情选择合适的治疗方式。

1.药物治疗：如果患者的囊肿直径小于5cm，并且没有明显的临床症状时，则可以遵医嘱使用米非司酮胶囊、复方左炔诺孕酮片等口服避孕药进行治疗。此类药物能够通过抑制卵巢排卵而达到治疗的效果。此外，也可以在医生指导下服用布洛芬缓释胶囊、吲哚美辛胶囊等非甾体抗炎药进行改善。这些都属于激素类的药物，具有一定的疗效。

2.手术治疗：若患者的囊肿体积比较大，而且出现了腹痛、月经异常等症状时，则需要及时到医院就诊，在医生操作下采取腹腔镜手术或开腹性手术等方式来进行处理。同时术后还需要注意伤口部位的护理工作，保持清洁卫生，预防感染的情况发生。

另外，对于存在巧克力囊肿的患者，日常生活中应注意养成良好的生活习惯，避免熬夜，保证充足的睡眠和良好的心态，有助于延缓疾病进展。