卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，治疗需要根据患者的年龄、症状、卵巢囊肿大小、是否存在生育要求等，在医生指导下进行个体化治疗，包括药物治疗、手术治疗等。

一、药物治疗：

1、非甾体类抗炎药：巧克力囊肿的患者可能会出现下腹部疼痛，以及痛经症状，可以使用非甾体类抗炎药，比如布洛芬、双氯芬酸钠等，具有解热镇痛抗炎的作用，可以缓解患者的疼痛症状;

2、孕激素类药物：针对没有生育要求的卵巢巧克力囊肿患者，可以口服孕激素类药物，如安宫黄体酮、炔雌醇片、地屈孕酮等，通过人工周期疗法使子宫内膜萎缩，从而缩小卵巢巧克力囊肿的体积;

3、促性腺激素释放激素激动剂：对于有生育要求的患者，可以使用促性腺激素释放激素激动剂进行治疗，如醋酸戈舍瑞林等，通过抑制卵巢功能，促使卵巢巧克力囊肿缩小;

4、其他药物：如果卵巢巧克力囊肿的患者合并有盆腔粘连，或者合并子宫内膜异位症，导致剧烈腹痛、性交痛等，此时建议使用腹腔镜手术治疗。

二、手术治疗：

1、保守手术：如果卵巢巧克力囊肿的患者较年轻，有生育要求，可以进行保守手术治疗，尽量保留卵巢功能。保守手术治疗主要是针对比较小的卵巢巧克力囊肿，如果囊肿直径在5cm以下，可以考虑进行保守手术;

2、根治手术：如果患者年纪比较大，没有生育要求，建议做根治手术，将子宫和双侧附件完全切除，也可以达到治疗的目的;

3、囊肿切除术：对于比较大的卵巢巧克力囊肿，如果患者没有生育要求，可以考虑做囊肿切除术，保留正常的卵巢，尽量保留正常的后续功能。

卵巢巧克力囊肿患者应在医生指导下，根据自身具体情况选择合适的治疗方案。在治疗期间，建议患者饮食以清淡、易消化为主，多吃富含维生素和蛋白质的食物，如鸡蛋、牛奶等，避免辛辣、生冷、油腻等刺激性食物，保持良好的作息习惯，避免熬夜、劳累，有助于疾病恢复。